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La chiesa di Sant'Anna è strettamente legata ai palafrenieri, gentiluomini di corte con mansioni di fiducia nell'ambito di compiti di minore importanza. La santa è sempre stata venerata come loro protettrice, tanto che nel 1378, quando venne eretta la confraternita, fu scelta come patrona. A quei tempi, i palafrenieri erano soliti pregare all'altare eretto da Urbano VI in San Pietro.Fu così fino al 1565, quando venne decisa la costruzione dell'attuale chiesa. Il progetto fu affidato all'architetto Giacomo Barozzi detto Vignola. Tra il 1577 e il 1581 i lavori vennero sospesi a causa di problemi economici della confraternita, ma negli anni successivi si riuscì a portare a termine la costruzione e nel 1583 venne inaugurata.Il 30 maggio 1929, con la Costituzione apostolica Ex Lateranensi pacto, Pio XI istituiva la pontificia parrocchia di Sant'Anna in Vaticano, affidandone la cura agli agostiniani. Il primo parroco fu padre Agostino Ruelli, nominato il 7 agosto 1929. Il 18 agosto successivo iniziava il servizio ministeriale degli agostiniani nella parrocchia, che ancora oggi continua per la Santa Sede, per la città di Roma e per la Chiesa universale tutta.